Su afición por el cine despertó pronto. En su adolescencia colaboraba ya como crítico en revistas como Film ideal, Radiocinema, Imágenes o Nuestro Cine. En 1955 fundó el Cine- Club de San Sebastián dirigiendo en ese año dos trabajos amateurs, El declive y El lechero. En 1956 marchó a Madrid e ingresó en el I.I.E.C. (Instituto de Investigaciones y Experiencias Cinematográficas) para estudiar Dirección. Al final de la década de los cincuenta trabajó como ayudante de dirección de Eugenio Martín ( Despedida de soltero) y de César Ardavín ( Festival). A partir de este momento se extiende una extensa obra cinematográfica donde se alternan valiosos cortos experimentales galardonados en diversos certámenes, largometrajes tan brillantes como Carne apaleada o Vida perra, interpretados por Esperanza Roy, mujer del director en la vida real, y productos «alimenticios» verdaderamente deleznables, tocando géneros tan dispares como el documental, el musical -particularmente insufribles las películas con el grupo infantil Parchís-, el terror o la comedia.
Su producción de cortometrajes se inició en 1960 con Tiempo dos. A partir de este trabajo llegaron, Pasajes tres (1961) -Concha de Oro del Festival de San Sebastián, Premio del C.E.C.-, A ras del río (1961), Tiempo de playa (1961), Espacio dos (1961) -Ossella di Bronzo del Festival de Venecia-, Playa insólita (1962), Tiempo abierto (1962), Vizcaya cuatro (1962) -Miqueldi en el Festival de Bilbao-, Toros tres, (1962), Tiempo de pasión (1963), Mujer contra toro (1963), Polio ( Canto a la esperanza) (1963), Artesanía en el tiempo (1964), Espacio muerto (1965), Madrid, la puerta más cordial (1966), La montería (TVE, 1966), Refinerías: Escombreras (1966), Una ciudad para el campo (1966), Espacio de playa (1966), El rastro (1966), la serie de 13 cortometrajes para TVE Deporte, nuevo humanismo (1966), (compuesta por los siguientes trabajos: ¿A dónde vamos con el deporte?, Deportistas, deportófilos y deporteros, Deporte y escuela, Saber perder, Hábitos humanos: la especialización, Deporte y arte, Deporte y arte moderno, Deporte y vida moderna, El deporte como escuela, ¿Sirve para algo ser campeón? I, ¿Sirve para algo ser campeón? II, Discutibles pedagogías, La mujer y el deporte), Los cuatro elementos (TVE, 1969), Granada (TVE, 1969), Cuenca (TVE, 1969) o Monasterio de Piedra (TVE, 1969). Entre 1967 y 1970 radicalizó sus experimentos cinematográficos con un ciclo de cortometrajes llamado Anti-cine en el que Aguirre investigó las posibilidades de la abstracción en el cine. En esta etapa realizó Uts cero, Che, Che, Che, Objetivo 40º, Múltiples, número indeterminado, Espectro siete, Fluctuaciones entrópicas, Innerzeitigkeit (Temporalidad interna) e Impulsos ópticos en progresión geométrica. En 1971 publicó el libro Anti-Cine en el que concretaba sus teorías. Tras realizar Ruedo insólito (TVE, 1971), Espacio abierto (TVE, 1971) y Costa del Sol malagueña (1972) siguió con sus cortometrajes experimentales con Vau seis (1973), Tautólogo plus X (1973), Underwelles (Orson Welles) (1973), Vibraciones oscilatorias (Günter Haese) (1975), Exósmosis (Francisco Sobrino) (1975), Pictogramas (1980) Superficies (Gerardo Rueda) (1980), Del movimiento espontáneo de la materia (Antoni Tapies) (1980), Como inmóvil sobre el mar sin reposo (Eduardo Sanz) (1980), Espacio interior (Eduardo Chillida) (1980) y Líneas del viento (Eusebio Sempere) (1980). En 1981 realizó Bibao: Feria Internacional de Muestras y cuatro cortos documentales turísticos producidos por el Gobierno Vasco: Rutas de Euskadi I: Entre Zugastieta y Durango, Rutas de Euskadi II: Entre Murgia y Vitoria, Rutas de Euskadi III: Entre Mutiloa y San Adrián, Rutas de Euskadi IV: Entre Oyarzun y Renteria. Su obra de cortometrajes sigue con Continuum 1 (1983), Supercan y su banda (13 cortometrajes para TV) (1989), Sin Film 2 (1997) y Sin Film 3 (1997). Extensa es su producción en largometrajes iniciada en 1964 con el documental España insólita.
Luego siguieron Los oficios de Cándido (1965), Puerta del Sol (1966, inacabado) Los chicos con las chicas (1967), Los que tocan el piano (1968), Una vez al año, ser «hippy» no hace daño (1968), Soltera y madre en la vida (1969), De profesión sus labores (1970), Pierna creciente, falda menguante (1970), El astronauta (1970), El gran amor del conde Drácula (1972), El jorobado de la Morgue (1972), Volveré a nacer (1972), El asesino está entre los trece (1973), El mejor regalo (1973), El insólito embarazo de los Martínez (1974), Ligeramente viudas (1974), Soltero y padre en la vida (1974), Vida íntima de un seductor cínico (1975), La iniciación en el amor ( Dafnis y Cloe) (1976), Acto de posesión (1977), Esposa de día, amante de noche (1977), Carne apaleada (1977), El consenso (1979), Rocky carambola (1979), Los pecados de mamá (1980), Cariñosamente infiel (1980), La guerra de los niños (1980), Vida perra (1981) -Trofeo Biennale de Venecia, Premio Luis Buñuel, etc-, La segunda guerra de los niños (1981), Martes y trece, ni te cases ni te embarques (1982), En busca del huevo perdido (1982), Las locuras de parchís (La tercera guerra de los niños) (1982), Los pajaritos (1982), Parchís entra en acción (1983), Gente/personas (1983), La monja alférez-Moja alfereza (1985), El polizón de Ulises (1987) -Mejor Fotografía en el Festival de Cine del Atlántico-, Continuum (1987), La diputada (1988) y El amor sí tiene cura (1991). En 1992 publicó La huella del cine americano en el cine español en el volumen La huella de América en España.
Entre 1992 y 1994 realizó una gira dirigiendo el monólogo teatral Yo amo a Shirley Valentine de Willy Russell, protagonizado por Esperanza Roy. En 1995 inició en París el rodaje de un complejo largometraje titulado Cinema/100. En 1997 impulsó y dirigió el I Festival Internacional de Cine de Madrid. En 1999 su proyecto Compañía obtuvo una ayuda del ICAA. El rodaje de esta película, un nuevo trabajo de carácter experimental en la filmografía de Aguirre, finalizó a principios del 2000. El film adaptaba un texto de Samuel Becket sobre la soledad del hombre y fue rodado en un solo plano. Compañía contó con Fernando Fernán Gómez como actor protagonista. En el 2001 su proyecto Variaciones 1/ 100, film de carácter experimental, obtuvo una ayuda del ICAA. Su único plano, un apasionado beso entre los actores Javier Bardem e Inés Sastre, está inspirado en unos versos de Borges dedicados a la que fue su primera esposa (?yo que tantos hombres he sido, no he sido nunca/ aquel en cuyo abrazo desfallecía Matilde Urbach?) y se rodó en el 2002.
A partir de ese plano la idea de Aguirre es hacer distintas variaciones en su afán de dar una vuelta de tuerca más a la evolución del lenguaje cinematográfico.